برقراري يك سيستم كنترل داخلي موثر در مؤسسات كوچك به مراتب دشوارتر از مؤسسات بزرگ است، زيرا به دليل محدود بودن تعداد كاركنان اصولاً امكان تفكيك كليه وظايف و مسئوليت‌ها در اين گونه مؤسسات وجود ندارد يا امكان آن بسيار ناچيز است. با اين وجود، برخي از كنترل‌ها در مؤسسات بسيار كوچك كه فقط يك يا دو كارمند دارند نيز قابل اعمال است. به عنوان مثال، شماره گذاري پياپي اسناد و مدارك مالي مانند فاكتور فروش، رسيد صندوق و ... مي‌تواند مانع جابجايي يا فراموشي در ثبت اين گونه مدارك شود.
يكي از عوامل مهمي كه مي‌تواند كنترل داخلي مؤسسات كوچك را تقويت كند، مشاركت صاحب مؤسسه در اعمال روش‌هاي اصلي كنترل است.